Tn-seq轉(zhuǎn)座子測(cè)序技術(shù)服務(wù)
轉(zhuǎn)座子測(cè)序介紹
轉(zhuǎn)座子(transposon,Tn)是存在于染色體DNA上可自主復(fù)制和位移的基本單位，在細(xì)菌的染色體、質(zhì)粒或噬菌體之間可以自行移動(dòng)，通過(guò)切割、整合等過(guò)程從基因組的一個(gè)位置“跳躍”至另一位置。當(dāng)轉(zhuǎn)座子插入某段基因時(shí)，該基因的功能將被破壞，基于這樣的特點(diǎn)，轉(zhuǎn)座子經(jīng)常被用于插入突變的實(shí)驗(yàn)中。轉(zhuǎn)座子測(cè)序(transposon sequencing，Tn-seq)技術(shù)結(jié)合了轉(zhuǎn)座子插入誘變和二代測(cè)序技術(shù)，常被用于細(xì)菌基因功能的研究。
轉(zhuǎn)座子測(cè)序需要構(gòu)建一個(gè)轉(zhuǎn)座子插入文庫(kù)，其中大多數(shù)或所有非必需基因（non-essential genes）都包含插入物，然后在特定的體外或體內(nèi)（宿主感染）條件下培養(yǎng)。通過(guò)測(cè)序確定實(shí)驗(yàn)的開(kāi)始和結(jié)束時(shí)種群中每個(gè)突變體的相對(duì)頻率。從這些數(shù)據(jù)可以量化每個(gè)基因在每種情況下的適應(yīng)性貢獻(xiàn)，分析出哪些基因是必需基因（essential genes）及推測(cè)基因與特定表型的相關(guān)性。例如，通過(guò)比較突變豐度來(lái)鑒定抗生素抗性基因。
Tn-seq測(cè)序原理和技術(shù)路線
自2009年首次報(bào)道Tn-seq技術(shù)以來(lái)，已開(kāi)發(fā)了多種用于細(xì)菌的轉(zhuǎn)座子插入測(cè)序 (transposon insertion sequencing，TIS) 方法，包括插入測(cè)序(insertion sequencing，INSeq)、高通量插入軌跡深度測(cè)序(high throughputs insertion tracking by deepsequencing，HITS)、轉(zhuǎn)座子定向插入位點(diǎn)測(cè)序等。
杭州沃森生物技術(shù)有限公司自主研發(fā)的Tn-seq建庫(kù)流程可兼容多種突變體庫(kù)構(gòu)建方法，只需明確轉(zhuǎn)座子序列信息即可構(gòu)建二代測(cè)序文庫(kù)進(jìn)行后續(xù)測(cè)序分析。
技術(shù)流程圖如下：
Tn-seq技術(shù)服務(wù)流程
數(shù)據(jù)分析流程
可視化結(jié)果
合作單位
參考文獻(xiàn)
1. Jiawen Xiao, et al. Analysis of key genes for the survival of Pantoea agglomerans under nutritional stress. International Journal of Biological Macromolecules 253 (2023) 1270590.
2. Fan Yin, et al. Genome-wide identification of genes critical for in vivo fitness of multi-drug resistant porcine extraintestinal pathogenic Escherichia coli by transposon-directed insertion site sequencing using a mouse infection model. Virulence. 2023, VOL.14, NO.1, 2158708.
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